אבחון פסיכולוגי כולל הערכה של התחום הקוגניטיבי (שכלי) והתחום הרגשי. בתחום הקוגניטיבי מתבצעת הערכה של האינטליגנציה. בתחום הרגשי מתבצעת הערכה של הקשיים, היכולות החברתיות, הכוחות, התפיסה העצמית, תפיסת המציאות ועוד. המלצות האבחון הפסיכולוגי יתייחסו לסוג הטיפול המתאים, המסגרות החינוכיות המתאימות ועוד. לדעתם של המתנגדים לאבחון הפסיכודידקטי, האבחון הפסיכולוגי אינו מתאים להערכת מנת המשכל והמצב הרגשי של לקויי למידה. בעקבות זאת הממצאים והמסקנות עלולים להימצא מעוותים
אבחון פסיכודידקטי מתבצע בחלקו הרגשי על ידי פסיכולוג בעל הכשרה מתאימה ומאבחן מומחה ללקויות למידה במשותף. האבחון כולל אבחון אינטליגנציה מלא, בחינת היבטים רגשיים, ובנוסף היבטים של האבחון הדידקטי. אם המאבחן הדידקטי רואה צורך להרחיב את הבדיקה מעבר לאבחון הדידקטי, הוא ימליץ על אבחון פסיכולוגי משלים. מטרתו של אבחון זה היא לעצב פרופיל אינטליגנציה של הנבדק בנוסף לפרופיל הלימודי שגובש באבחון הדידקטי.
כמו כן, אבחון פסיכודידקטי כולל הערכה של המצב הרגשי, בכל הנוגע לתהליכי הלמידה. ההערכה הרגשית מתבצעת דרך איסוף נתונים ממקורות מידע מגוונים, שאלונים מובנים ומבחנים השלכתיים, המאפשרים ללמוד על גורמים רגשיים העלולים להשפיע על קשיי הלמידה, למשל ביטחון עצמי נמוך וחרדה.
באבחון פסיכודידקטי ניתן להמליץ על התאמות ברמה 1-3 בהתאם להגדרות משרד החינוך: התאמות ברמה 1 ו-2, שהן ההתאמות של אבחון דידקטי, ובנוסף התאמות ברמה 3 הכוללות היבחנות בעל פה ושאלון מותאם – שאלון מצומצם יותר מהשאלון הסטנדרטי. לרוב מפחיתים נושא לימוד אחד או שניים. התאמות ברמה 3 מחייבות את אישור משרד החינוך.